La intención de conformar un centro de estudios en el ámbito conjunto, comenzaron a tomar fuerza en el año 1984, luego del Conflicto por Malvinas e Islas del Atlántico Sur, pero recién en 1995 se forma una comisión de estudios especiales cuyos integrantes fueron los tres directores de las escuelas a requerimiento de la Junta Coordinadora de Educación Militar (JUCEM) dependiente del Ministerio de Defensa. Finalmente, en 1999 el entonces Ministro de Defensa Lic. Ricardo LOPEZ MURPHY, toma la decisión política de unificarlas en un mismo predio mediante una Resolución Ministerial.

La actual organización se materializa con la Resolución del Ministro de Defensa Nro 200 del 10 de marzo de 2000, donde se crea el Instituto de Inteligencia de las Fuerzas Armadas que comienza a funcionar en 2001, siendo sus cimientos la trayectoria y las experiencias de cada una de las Escuelas de las Fuerzas.

En el nivel de educación superior y para adecuarse a lo establecido por Ley de Educación Superior para impartir carreras de posgrado, el Instituto desarrollaba sus actividades como una Unidad Académica Asociada5 del Instituto Universitario Aeronáutico6. Esta asociación le garantizaba al IIFA el carácter universitario de los estudios y títulos, si bien no se ejercía una supervisión académica efectiva, pues la dependencia orgánica y administrativa era responsabilidad del Estado Mayor Conjunto.

A partir de la creación de la Universidad de la Defensa Nacional, todas las gestiones referidas a carreras de nivel universitario se realizan por intermedio del Decano de la Unidad Académica de Formación Militar Conjunta.

Las políticas de formación militar en nuestro país encuentran su fundamento en el marco de la Ley de Defensa Nacional Nro 23.544.

Los profesionales militares y civiles deben poseer la capacidad de adaptarse a los tiempos actuales, que pueden definirse como de cambios cada vez más acelerados y profundos. Esta capacidad exige la disposición de conocimientos científicos y técnicos avanzados que, aunados al desarrollo de facultades cognitivas adecuadas para la reflexión crítica y el aprendizaje continuo, doten a los futuros integrantes del llamado Ejército del conocimiento de la capacidad de establecer diagnósticos adecuados a cada una de las circunstancias del cambiante contexto nacional, regional e internacional.

La visión del nivel estratégico militar sobre la educación militar conjunta supone que potenciar lo conjunto fortalece lo específico y ello ha impuesto una transformación cultural.

Las razones de esta transformación encuentran sentido en la revolución tecnológica con aplicación directa al campo de los conflictos donde normalmente los gobiernos no tienen plena soberanía, como el cibernético, y donde se crean nuevos dilemas éticos que afectan directamente el mando en el momento de la toma de decisiones. Ello implica necesariamente repensar la preparación de soldados y conductores.

Es así que toda actividad de educación militar conjunta debe tener por finalidad no sólo el perfeccionamiento del personal, sino la amplia difusión de todos los aspectos legales, doctrinarios y operacionales hasta lograr que la convicción haga natural el pensamiento y la acción militar conjunta, cimentando sus acciones educativas en el desarrollo de tres ejes: la búsqueda del conocimiento, la educación como sistema y la ética que lo enmarque.