El Comando Conjunto de Ciberdefensa está conducido por el Comandante Conjunto de Ciberdefensa, de quien dependen el Jefe de Estado Mayor, el Centro de Ingeniería de Ciberdefensa y el Centro de Operaciones de Ciberdefensa, además del Departamento Presupuesto y la Secretaría Ayudante. El Estado Mayor está integrado por los Departamentos Personal, Inteligencia, Operaciones, Logística y Apoyo.
El escudo que distingue al Comando Conjunto de Ciberdefensa, dividido en dos campos, contiene el símbolo nacional con el sol que identifica la Bandera de Guerra, y en el otro se representa el Espacio Cibernético, un nuevo ambiente que es transversal a todo el quehacer humano y dentro del cual el Comando participará y contribuirá a la protección del Instrumento Militar.
La espada representa la determinación inquebrantable del personal que compone ola organización y exhibe
el lema “siempre y en todo lugar”.
Todo esto dentro de un círculo que es sinónimo del compromiso con la misión continua y permanente.