La misma establecía las pautas generales referidas a la Defensa Nacional, teniendo en cuenta los nuevos conceptos vigentes en el mundo a la luz de las experiencias recogidas al finalizar la Segunda Guerra Mundial. Dicha ley establecía en lo que respecta a este organismo, los siguientes aspectos de interés:

En el artículo 11

"La conducción de la guerra compete directamente al Presidente de la Nación, quien adoptará las resoluciones pertinentes en acuerdo parcial de Gabinete, asistido por los Secretarios de Estado de Relaciones Exteriores, Guerra, Marina y Aeronáutica, constituídos al efecto en Gabinete de Seguridad y Exterior (o Gabinete de Guerra), con el asesoramiento directo del Estado Mayor de Coordinación".

En el artículo 12

"EL Gabinete de Seguridad Exterior, a los efectos de la preparación y conducción de la guerra y de la mayor coordinación de las Fuerzas Armadas en operaciones conjuntas, será asistido en forma permanente por el Estado Mayor de Coordinación, el que estará directamente subordinado y se integrará con Jefes y Oficiales de los Estados Mayores Generales del Ejército, Armada y Fuerza Aérea, de acuerdo con la organización objetivos y facultades que el Consejo de Defensa Nacional fije al reglamentar sus actividades."

En el artículo 13

"A los efectos de la conducción de las operaciones, el Comandante Supremo de las Fuerzas Armadas dispondrá como órgano asesor al Estado Mayor de Coordinación, el que dependerá directamente del Presidente de la Nación (Gabinete de Seguridad Exterior) y será el órgano natural y obligado mediante el cual se impartirán órdenes e instrucciones a los Comandantes en Jefe de todas las Fuerzas".

Su constitución desde el punto de vista administrativo fue dispuesta por decreto Nro. 1775 del 24 de enero de 1949 y su organización, misiones, dependencias y otros aspectos funcionales establecidos por el reglamento del Estado Mayor de Coordinación, aprobado por decreto del poder Ejecutivo Nacional Nro. 1776 de la misma fecha.

Estos decretos respondían a la necesidad de reglamentar aspectos de detalles de lo establecido por la ley 13.234

Por resolución conjunta Nro 23/951 "R" del 29 de agosto de 1951, firmada por los Ministros, Secretarios de Estado Defensa Nacional, Ejército, Marina y Aeronáutica, y con motivo de la creación del Ministerio de Defensa, se establece la dependencia de este Ministerio y se modifican aspectos menores relativos a su misión, relaciones, funciones y tareas.

El 3 de febrero de 1967, se promulgó la Ley de Defensa 16.970, estableciendo en su artículo 55 que el Poder Ejecutivo Nacional reglamentaría por decreto "la composición orgánica básica y el régimen de trabajo de los organismos que serán creados dentro del Sistema Nacional de Planeamiento y Acción para la Seguridad".

Seguidamente por decreto Nro 738/67 y 739/67 de la misma fecha, se establecen los organismos que compondría el Sistema Nacional mencionado, ya sea por creación de nuevas dependencias o modificación orgánica de las ya existentes, entre estas últimas, el Estado Mayor de Coordinación que pasó a denominarse Estado Mayor Conjunto de las Fuerzas Armas.

En el año 1997, dentro del Programa de Reestructuración y Racionalización del Ministerio de Defensa, el Estado Mayor Conjunto abandona su vieja sede de Paseo Colón 255 y se traslada a su actual asiento en el Edificio Libertador.